31/12/2020 15:02

Virus mutant - Comment la France tente de traquer cette nouvelle souche du COVID19 avec plusieurs plate-formes de séquençage génomiques

Depuis la découverte de cette nouvelle mutation du Covid-19 au Royaume-Uni, jugée plus contagieuse, plusieurs plate-formes de séquençage génomiques - dont les Centres Nationaux de Référence (CNF) des virus respiratoires de Paris et de Lyon et quelques hôpitaux qui disposent de séquençeurs ADN - ont mis leurs machines en route. Les chercheurs tentent ainsi de découvrir si les patients testés positifs au coronavirus ces deux derniers mois avaient contracté un virus semblable à la nouvelle variante britannique.

L'opération pour identifier les différentes variantes est simple : il suffit de prélever le virus contenu dans un échantillon naso-pharyngé et de «casser» son enveloppe pour libérer le génome. Celui-ci est ensuite versé dans un tube rempli d'une solution saline, puis placé dans l'un des séquenceurs, capables de fragmenter et d'analyser plusieurs génomes à la fois.

Les serveurs informatiques reliés à ces machines prennent ensuite le relai pour étudier et comparer les variantes identifiées.

En France, le séquençage du Covid-19 n'en est qu'à ses débuts : depuis l'apparition de la pandémie, seuls 2.500 souches virales ont ainsi été séquencées sur le territoire, contre 120.000 en Grande-Bretagne.

Cette semaine, un premier tube de quarante génomes est passé au séquençage à l'hôpital Henri Mondor de Créteil (Val-de-Marne), comme le rapporte France Inter. Les résultats devraient être connus dans quelques jours.

A l'issue des fêtes de fin d'année, l'hôpital équipé de plusieurs machines à haut débit envisage une analyse plus ambitieuse, avec plusieurs centaines d'échantillons, pour déterminer si le nouveau variant circule activement sur le territoire.

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